中发11号文件指出，“基层社是供销合作社在县以下直接面向农民的综合性经营服务组织，是供销合作社服务‘三农’的主要载体”，要“逐步办成规范的、以农民社员为主体的合作社”。这一论述明确了基层社的内涵、定位和改造目标。
合作社是一种独立的组织形式，与企业、社团等组织是并列关系。合作社形式上一般应具备三个要件:一是要有一定数量的社员，社员入社自愿、退社自由；二是表决机制以一人一票为主，而不是一股一票；三是盈余主要按交易量大小返还，而不是按出资多少来分配。
当然，在经历多轮改革之后，传统基层社的合作经济属性明显弱化，基层社社员身份、资产权属、治理架构已模糊不清。后期以公司、农民专业合作社等形式成立的新型基层社，在资产、业务、人员等方面管理上与传统基层社有较大区别。
所以，中发11号文件对“强化基层社合作经济组织属性”提出明确要求，在社员方面要求“广泛吸纳农民和各类新型农业经营主体入社”、“以农民社员为主体”；在治理机制方面，要求“强化民主管理”、“提高农民社员在经营管理事务中的参与度和话语权”、“拓宽基层社负责人选任渠道”；在利益分配方面，要求“建立健全按交易额返利和按股分红相结合的分配制度”、“切实做到农民出资、农民参与、农民受益”。
基层社设置在县以下，直接面向农民，离农民距离最近，各种服务通过基层社才能真正落地，因此基层社是供销合作社服务“三农”的“主要”载体，各级联合社应当通过基层社开展为农服务，“资要更多投向基层社”。作为供销合作社的组织基础，基层社直接“面向农民生产生活”，经营服务内容体现“综合性”，这也是基层社与农民专业合作社的主要区别之一。除了巩固农业生产资料、日用消费品、农副产品、再生资源4项流通主业外，基层社可以结合实际拓展农业生产社会化服务、承担公益性服务，通过建设乡镇综合超市、农产品初加工设施、寄递物流网点、电商服务站、庄稼医院等，不断提升服务能力和水平。基层社要通过多种方式建设农村综合服务社，强化经济和组织联系，把生产生活综合服务送到农民身边。
实践中把握基层社的概念还应注意以下3点：一是基层社原则上设置在乡镇。这与基层社70多年的发展历史基本一致，与乡镇基层政权设置相一致，有利于增强基层社政治功能，发挥党和政府密切联系农民群众的桥梁纽带作用，也有利于通过规模经营形成可持续的经营服务能力，真正发挥为农服务综合平台作用。条件具备的地方，也可以探索按照经济区域组建基层社。二是不能将基层社视同为企业。坚持合作经济基本属性，是供销合作社办社宗旨、办社方向决定的，是区别于其他经济组织的独特优势，无论怎样改革与发展，都不能动摇对这一基本属性的坚持。目前，供销合作社专门的法律法规尚未出台，基层社还不能作为一种单独的类型进行登记，但这只是暂时的。三是要处理好“社”与“网点”的关系。不能将“双代店”、“企业分支机构”等经营网点等同于基层社。同时，要注意“基层社”与“基层组织”的区别，“基层组织”是一个大概念，既包括基层社，也包括基层社领办创办的农民专业合作社，以及县级以上联合社(包括社有企业)在县以下设置的经营服务机构。
