《农民专业合作社法》不是一部针对供销合作社的立法，从内容上看也没有直接提及供销合作社。东方体育农民专业合作社产权制度、管理制度等方面的规定与供销合作社有较大区别，比如：农民至少应当占成员总数的百分之八十，而供销合作社由于多轮改革，特别是上世纪90年代退还社员股金后，绝大多数传统的基层供销社已经没有了该法所指意义上的社员。此外为《农民专业合作社法》配套政策，2007年国务院出台《农民专业合作社登记管理条例》（2022年3月1日起，《中华人民共和国市场主体登记管理条例》施行，《农民专业合作社登记管理条例》同时废止），未按照农民专业合作社登记的，不能直接适用该法。
对于是否纳入该法调整对象，起草过程中，全国供销总社曾在《东方体育对(农民合作经济组织法（征求意见稿）》修改意见的函》（供销合函字〔2005〕 94号）提出：如果以“农民合作经济组织法”之名来看条文内容和草案整体，供销合作社并未明确属于该法调整对象。我国《宪法》第八条明确规定了供销合作社是农村的合作经济组织，中央和国务院有关文件中都明确指出要把供销合作社真正办成农民的合作经济组织。供销合作社组织体系完整，在促进我国农业和农村经济发展方面一直发挥着重要作用，在发展合作经济组织方面也积累了大量有益的经验，应当在该法中得到体现。而且，按照现在的立法思路，该法出台后，国家也不可能专门再给供销合作社立法。因此建议明确将供销合作社纳入该法调整对象。意即：供销合作社属于当时所草拟的《农民合作经济组织法》调整对象，但该法条文和草案整体未予以明确，建议纳入。
但后期法律名称变动，以示与其他农民合作经济组织相区别，明确不包括农村集体经济组织和社团性质的专业技术协会等。由于供销合作社组织形式复杂，该法起草初期亦未将合作社联合社纳入该法范畴，所以未明确供销合作社作为该法的调整对象。但同时并未将与农民专业合作社基本属性相似的基层供销合作社排除在外。近年来，在全国供销总社的大力推动下，基层供销社多种形式快速发展，其中按照《农民专业合作社法》登记成立和运行管理的新型基层供销社，即可适用该法。另外，如果传统的基层供销合作社经过改制重组，符合《农民专业合作社法》东方体育设立农民专业合作社的条件，也可以依法登记并适用该法。
